Biyoinformatik, yeni bir alan.

Bu ara eğitim ile ilgili bloglarıma sorular yorumlar gelmeye başlayınca, biraz daha eğitim ile ilgili yazmanın yararlı olacağını düşündüm. İlgimi çeken şey artık üniversite adaylarının moleküler biyoloji ve genetik alanına oldukça ilgi duyması. Aslında şaşırtıcı gelmemesi lazım çünkü hakikaten büyük bir potansiyel var bu alanda.

Şimdi bu blogta ise biyoinformatikten söz etmek istiyorum.
Moleküler biyoloji ve genetik alanında ki teknolojik gelişmeler hızlanınca, özellikle de insan genomunun bitirilmesiyle bir anda bilgi oluşumu hızlandı.

Bilgi oluşumundan kastım proteinler, genler ve bunların çalışma mekanizmaları bir bir ortaya çıkarılmaya başlandı. Biyolojik veri bankalarından bir örnek vereyim. Protein veri bankası (PDB), web adresi: http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do buradan ulaşabilirsiniz. Şu anda yaklaşık 50bin adet protein yer almakta burada. Mesela 2000’lı yılların başında yılda 2500 kadar yeni protein eklenirken sadece 2008’in ilk 4-5 ayında 2900 protein eklenmiş durumda.

İnsan genomundan sonra fare, köpek, maymun, at hatta fil genomu bile bitirildi/bitirilmek üzere...sadece bunlar değil daha bir çok canlınınki de deşifre ediliyor.

Bu ne demek biliyor musunuz?

Binlerce gen, milyarlarca molekül demek.

İşin içine burada bilgisayar giriyor işte.
Matematik te giriyor.
İstatistik te giriyor...moleküler biyoloji ise hep var ki zaten.

İşte bu alanların birleşiminden yeni bir alan doğdu, biyoinformatik.
Daha çok genç, 10 yıllık bir geçmişi var demek yalan olmaz. Son yıllarda bilgisayarların da hızlanması alanı çok geliştirdi.

Sistemler biyolojisi ortaya çıktı.

Bu genlerin proteinlerin birbirleri ile nasıl ilişkide olduklarını anlamak önem kazandı. Hastalıkların mekanizmasını anlamaya çalışmak ve dolayısı ile bu moleküler trafiğin önemini kavramak hatta çözmek müthiş öncelik aldı.

Drug Discovery denilen alan doğmaya başladı yani bir moleküler sistemde işi aksatan molekülü bulmak ve sadece onu devirecek moleküllerin dizaynını yapmak bir bakıma ilaç dizayn etmek sentetik olarak.

Bunlar biyoinformatiğin ya da computational biology (bilişimsel biyoloji desem ne kadar doğru olur acaba?) uğraştığı alanlar. Moleküllerin modellerini yapıp sanal ortamda üç boyutlu olarak yapılarını incelemek ve ona göre yorumlarda analizlerde bulunmak laboratuvarda deneyler yapan bilim adamlarının işlerini kolaylaştırmaya başladı.
Milyonlarca molekülü bir hafta içinde deniyorsunuz acaba hangisi çalışacak diye. Normal laboratuvar koşullarında ömrümüz yetmez. Halbuki biyoinformatik alanı işlerin hızlanmasına yaramakla kalmıyor. Yeni buluşlara da imza atıyor. Boşuna değil diğer canlıların da genomlarının deşifre edilmesi. Böylelikle yolumuz daha aydınlanıyor.
Bir takım proteinler var 104 derecede yaşayan canlılarda (bunlar bakteri) çalışıyor. Ama aynı protein 36 derecede de çalışabiliyor...nedir bu dayanıklılığın sırrı? Tüm bunlar karşılaştırmalı modelllemelerle sanal ortamda test edilebiliyor.
Hatta molekülün hareketli olarak filmini(animasyonu) bile yapabiliyorsunuz. Sonuç olarak...biyoinformatik yani kabaca moleküler biyoloji ve bilgisayarın buluştuğu bu alanın çok büyük bir potansiyeli var.

Moleküler biyoloji ve genetik okuyanlar, okumak isteyenler bu alanı da sonrasında master veya doktora yapmak üzere düşünsünler diyorum.